По лептоспирозу РМА анализ вообще примитивный, он не различает первичный ответ и приобретенную защиту. Как если бы беременную начали лечить от всего, что в торч-инфекциях показало титры, не разбираясь, какого они срока давности. Поэтому в инструкции написано про рост и два анализа.
Возьмите последнюю инструкцию, почитайте, и если будут настаивать - показывайте инструкцию и простите обосновать действия.
Возможно, они хотят подстраховаться. Самый высокий риск - для жеребят, они реально не защищены, и в случае падежа, веты обязаны брать анализы и будут отвечать за то, что не боролись с лептоспирозом, если его найдут. А аборт - это уже вопросы к кобыле, тем более, что для нее лептоспироз - несмертельный риск, причин аборта масса может быть, и остроты инцидента не будет, стрелки можно переводить до бесконечности.
