У нашего коня тоже есть на спине шишки, правда он на них не жалуется. И уже не один ветеринар нам сказал, что это во-первых не от седла (в смысле седла сказал просто следить, чтоб был хороший вальтрап, чтоб шишки под седлом не содрать случайно), во-вторых, нам сказали, что такие шишки в чем-то схожи с человеческим целлюлитом, дискомфорта лошади не доставляют и по большому счету ничем особо не лечатся. И со временем (возможно, довольно большим) проходят сами.
Так что шишки разные бывают и вполне возможно, что это все-таки не от седла.