Могут быть разные причины. Возможно проблемы в ротовой полости.
По описанию еще очень похоже на гастрит. Если никаких проблем во рту не найдете, то можно попробовать споить 1 флакон альмагеля А за 20 минут до дачи корма. Если после этого лошадь будет есть значительно лучше, то значит дальше...