Господи, вопросов, конечно, много, но не надо их придумать на ровном месте.
1. вариант: есть лошадь и уже есть паспорт фкср. Врач чипирует и вклееит наклейку в паспорт и все.
2. вариант: есть лошадь, а пока нет паспорта фкср. Чипируете лошадь, а наклейки храните. Когда оформите паспорт...