Лечить придётся всё равно, по любому полезете к яйцам. Лучший выход - приучение жеребца/мерина к санобработкам гениталий, тогда и медицинские процедуры даст проводить без проблем. Знала жеребца, который балдел, когда ему очищали препуций от корочек. Не распускался, а балдел по-настоящему: свешивал голову, расслаблял губы, глазки зажмуривал.
От бородавок попробуйте мирамистин, это антисептик, он и на вирусы действует. Мазать, естественно, только очаги. И чтобы руки были тёплые!
Все эти проявления бородавочные, как уже говорили, нередко - проявление ослабленного иммунитета. Так что - подумать и в этом направлении.