"Мышц практически нет" - это, вполне возможно, атрофия. Надо звать ХОРОШЕГО ветврача. Потому что, вероятно, нужно будет кое-что посущественнее мазилок проколоть.
Вообще для растирки плеч хорош золотистый линимент, только не забывайте его разводить хотя бы 1 к 2, а лучше 1 к 4, теплой водой, и растирать обязательно оба плеча, под попону на час.
По работе трудно говорить, потому что не понятно, речь идет о заживлении хронической травмы или о восстановлении (вводе в работу и наращивании мускулатуры) выздоровевшего плеча. В любом случае хорошо шагать и рысить по воде, ездить только шагом в горку, но не вниз, только вверх. Продолжительный шаг очень полезен, хорошо работать по низким кавалетти, поставленным на широкий ход по прямой.
Но, опять же, какая нагрузка полезна именно Вашему коню, скажет только лечащий врач. Ковку проверьте - это тоже очень влияет на ход, особенно если он на ямки реагирует...
Бывает, конь начитает жаловаться на плечо при изменении работы, здесь нужно повтирать линимент, а работу продолжать, не форсируя, чтоб привыкал.